Toprağın verim güçlerinin kaybolmasına neden olan diğer bir kirlenme şekli de, kimyasal kirlenmelerdir. bu tür kirlenmelerde ana etmenler atmosferik çökelmeler, asit yağmurları, atık sular ve bunlarla kirlenmiş suların toprakta bırkatığı kirletici elemanlar, arıtma tesislerinden çıkan kirli çamurların toprakta yaptığı kirletici etkiler, tarımsal ilaçların bazılarının toprakta birikmeleri ile oluşan kirlenmelerdir.Ayrıca sulama yoluyla ortaya çıkabilecek, tuzlanma ve çoraklaşma gibi toprağın verim gücünü azaltan, hatta giderek tarımsal üretimde kullanılması önleyen fiziksel ve kimyasal kirlenmeler de toprak kaynaklarına olumsuz etkiler yapmaktadır.

Toprak kirliğinin çevre sağlığı açısından en önemli etkisi; topraktaki kirleticilerin bitki bünyesine geçerek bu bitkilerin ya doğrudan yada bu bitkilerle beslenen hayvanların besin olarak tüketilmesi sonucu insan bünyesine geçmesidir. Bundan başka özellikle çiftçi(üretici) sağlığı açısından kirlenmiş toprakta derinin (el,ayak) temas etmesi, kirlenmiş toprak tozlarının yutulması, topraktan özellikle kuruma esnasında buharlaşan civa vb. kirleticilerin teneffüs edilmesi gibi tam olarak boyutları ve sonuçları yeterince araştırılmamış birçok muhtemel sağlık sorunu vardır.